清初禅宗，有临济的天童、磬山二系和曹洞的寿昌、云门二系相对峙。天童密云一系，以汉月法藏（1537—1635 ）、费隐通容（1593 —1661 ）、木陈道忞（1596 —1674）、破山海明（1597 —1665）四支为最蕃衍。法藏开法三峰（江苏常熟），门徒最盛，后继者有杭州灵隐具德弘礼（1600—1667）、苏州灵岩继起弘储等。弘礼门下，出有晦山戒显、硕揆原志等，各传禅道于吴楚。弘储历主浙江大刹，广受缁素皈依。他的门下金赋原直住南岳和德山（湖南常德），楚奕原豫住潭州云盖山，灵岩之道，遂大行于湖南。通容历主福严（浙江石门）、黄檗（福建福清）诸大刹，他的法系传入福建，门下出有隐元隆琦和亘信行弥。隐元（1592—1673 ）晚年应请东渡日本，成为日本黄檗宗的开祖。亘信（1603 —1659）历主雪峰和南山，大扇宗风于闽南。其徒如幻超弘（1605 —1678）住泉州小雪峰，被称为一方宗匠。道(忞)继密云主持天童，应召入京说法，受清世祖礼遇。海明门下出有丈雪通醉，其法系盛行于四川、贵州，至今传承不绝。磬山天隐门下一系，出有箬庵通问与玉林通琇等。通问开法杭州理安寺，后主镇江金山，成为清初以后禅宗最盛一系。通琇自武康报恩寺应请入京传戒后，名重朝野。晚年开法浙江西天目山，所居号禅源寺，一时称为法窟。
寿昌（在江西新城今黎川县）、云门（在浙江绍兴）二寺，在明末并称为曹洞中兴道场。入清以后，寿昌慧经的法嗣无异元来、永觉元贤、晦台元镜等，各振一方。元来住江西博山，其道大行。门下出宗宝道独、栖壑道丘、星朗道雄等，分传曹洞禅法于岭南和江北。道独门下出剩人函可（1611—1659 ）、与天然函昰（1608 —1685）等。函可以弘法罹难，充配沈阳，开法于千山。天然为广东一大宗匠，明朝亡后，遗民士子多从他披剃。道丘（1586—1658）开山鼎湖，其法系在掺弘赞、迹删成鹫等，皆一时名德。道雄（1598—1673）住安徽庐江冶父寺，鼓扬洞上宗风，著有《教外直指》。元贤（1578—1657）重兴福州鼓山，法嗣为霖、道霈继之，讲学刻经，颇为曹洞生色。元镜弘禅于建阳东苑，门下出觉浪道盛，开法于南京天界寺，其法系颇为繁荣。
绍兴云门一系，自湛然圆澄以后，其势力颇足与临济的天童一系相颉颃。圆澄门下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪，在清初均为有名宗匠。明方门下的远门净柱、位中净符，明盂门下的俍亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净斯等，都是很有名的禅宿。
太平天国以后，金山、高旻、天童、天宁，号为禅宗四大丛林。道华清澄的法嗣月溪显谛与观心显慧（许樾身《观心大师塔铭》）先后重兴镇江金山。其后，大定密源（1824—190）、常静密传、性莲密法、隐儒密藏，相继整肃禅规，宗风大振。金山遂成为中国的禅宗首刹。扬州高旻寺，自清初天慧实彻（？—1735）经昭月了贞、宝林达珍至楚泉全振（1861—？），其禅规整肃，与金山齐名。常州天宁寺，清初原为律宗道场，自大晓实彻（1685—1757 ）改为禅宗，至冶开清镕（1850 —1920）继主法席，宗风大盛。冶开与宜兴海会寺妙参清虚、南京香林寺济南清然、扬州高旻寺楚泉全振、苏州西园寺广慧圆德，同称为清末江南宗门五老。重兴宁波天童寺的寄禅以及湖南衡阳岐山仁瑞寺的恒志（1811—1875 ）、江苏句容赤山真如寺的法忍（1845 —1905）都是清末著名的禅僧（寄禅：《恒志和尚道状》、《法忍禅师塔铭》）。
明代以来各派禅僧竞撰灯录、世谱。紫柏以《传灯》未续，为他出世一大负，因此能文缁素，都发愿有所著述。此种风气，在清代尤为流行。清代所撰的传灯僧史，有道忞《禅灯世谱》九卷，通容《五灯严统?范寰?通问《续灯存稿》十二卷，本晰《宗门宝积录》九十三卷，通醉《锦江禅灯》二十卷，如纯《黔商会灯录》八卷，性统《续灯正统》四十二卷，超永《五灯全书》一百二十卷，净符《祖灯大统》十八卷，弘储《南岳单传记》一卷，纪荫《宗统遍年》三十二卷，自新、性磊《南宋元明禅林僧宝传》十五卷，心圆、火莲居士《揞黑豆集》九卷，聂先居士《续指月录》二十卷，达珍《正源略集》十六卷等。
清初风气，凡是开堂说法宗师，寂后常由门人辑录其机缘法语付版。因之，当时续刻的《嘉兴藏》以语录为最多。临济宗如天童密云门下的通容、道忞等十二弟子；磬山天隐门下的通问、通忞;三峰汉月门下的灵岩弘储、灵隐弘礼及其弟子等；曹洞宗如博山一系的道独、函昰、函可、今无、今释、今辩等；鼓山一系的元贤、道霈；东苑元镜门下的道盛及其弟子等；云门圆澄一系的明盂、净柱、净挺、净斯、智操等，都有语录行世。
净土为清初以来佛教各宗的共同信仰。最致力弘扬者以行策、省庵、彻悟、瑞安、悟开、古昆、印光等为代表人物。行策（1628 —1682）字截流，住常熟普仁院，创七日念佛法，著有《起一心精进念佛七期规式》，为清代“打念佛七”的滥觞。省庵（1686 —1734 ）名实贤，住杭州梵天寺，结社专修净业。所著《劝发菩提心文》，广为缁素传诵。净土宗徒称他为莲宗第九祖。彭际清辑有《省庵禅师语录》二卷。彻悟（1741 —1810 ）号梦东，初从北京广通寺粹如参禅，后继主法席，为道俗所归仰。嘉庆五年（1800 ）居京郊怀柔红螺山资福寺，倡导念佛，依从者甚众，遂成北方著名净土道场。有《彻悟禅师语录》二卷（体宽《彻悟禅师行略》）。
瑞安（？—1864 ）字悟和，住红螺山，专修净土。魏源在京时曾从他问法，后应魏源请至高邮弘法，信者极众。仁和许息庵延住扬州藏经院，受院主观如所归敬。其后遍历南京、苏州、泰州、通州诸地，到处弘传净土（程兆鸾《悟和法师传略》）。悟开（？—1830 ）字豁然，号水云道人，住苏州灵岩山下宝藏寺。通达经论，而专以净土接众。著有《莲宗九祖传略》、《净土知津》、《念佛百问》各一卷（江沅《念佛百问序》）。古昆（？—1892 ）号玉峰，光绪四年（1878 ）住杭州弥陀寺，摩崖刻大字《阿弥陀经》。光绪十五年（1889 ）卓锡慈溪西方寺，盛倡念佛。著有《莲宗必读》、《西方径路》、《净土自警》、《念佛要诀》等书。其弟子芳慧著有《净土承恩集》，照莹著有《净土业痛策》，都继承他倡导净土（沈善登《报恩论》卷下）。
印光（1861 —1940 ）名圣量，号常惭。初学净土于北京红螺山。光绪十九年（1893 ）南游，居普陀山法雨寺专修。时人辑他所撰文章为《印光法师文钞》。晚年移居苏州灵岩山，寂后门弟子尊他为莲宗第十三祖。
天台宗自明末百松真觉再兴，称为重兴天台教观第一世，幽溪传灯为第二世；以后，藕益智旭、苍辉受晟、警修灵明被继尊为第三、四、五世。天溪受登与受晟为同门、受登弟子灵耀与灵明继绍弘扬台教。受登（1607 —1675 ）住杭州天溪大觉寺专弘天台三十余年。受登的弟子灵乘，字遐运，著有《地藏菩萨本愿经纶贯》及《科注》各一卷。灵耀，字全彰，随侍受登二十余年，康熙初（1662 ）住嘉兴楞严寺，对《嘉兴藏》的补刻流通很有劳绩。著有《楞严经观心定解》十卷、《法华经释签缘起序指明》一卷、《四教仪集注节义》一卷、《随缘集》四卷等。
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