用金瓶掣签的方式来认定藏传佛教最高等的大活佛转世灵童，是清王朝乾隆五十七年（１７９２年）正式设立的制度。
元明以来，西藏事务俱是由西藏宗教上层和信奉藏传佛教的蒙古王公以及西藏的大贵族操持。皇帝对西藏重大事务时尔也派钦差进藏督办。清朝时期，中央政府加强了对西藏的直接控制。康熙、雍正、乾隆皇帝考虑到对边远蒙古部族的约束，都对西藏达赖和班禅两大活佛体系采取优抚政策。
在清朝康熙至乾隆时期，西藏各教派纷争激烈。游牧于青海的蒙古汗王和西藏的地方势力，用各种办法控制西藏的大活佛，以便扩张自己的势力，并巩固所获得的特权。当时，蒙藏地区大活佛圆寂之后，转世灵童主要是由最有名望的跳神巫师“吹冲”来认定。雍正五年，清政府正式在西藏设立驻藏大臣衙门，内阁学士僧格和副都统马喇成为首任驻藏大臣。驻藏大臣不仅直接掌管西藏政务，还直接督察西藏宗教重大事务。对大活佛转世灵童的认定除了“吹冲”降神以外，还需报驻藏大臣，并由驻藏大臣上奏北京大皇帝恩准。“吹冲”在各种贿赂下，在跳神中，假借神谕，指定的活佛转世灵童大多出自蒙古王公或西藏的大贵族之家，有的甚至还是“吹冲”家族中人。这种大活佛几都出自一家的现象，也是促使乾隆皇帝下决心整治西藏活佛转世制度流弊的一个重要原因。
在西藏实行金瓶掣签制度，源由噶玛噶举红帽系活佛确朱嘉措叛国，勾引廓尔喀人入侵西藏事件的发生。
清乾隆四十九年（公元１７８５年），噶玛噶举红帽系第十世活佛确朱嘉措外逃到廓尔喀国（今尼泊尔），并挑唆廓尔喀国王发兵西藏。廓尔喀人第一次侵藏获利不多，到乾隆五十六年，廓尔喀兵再次入侵西藏，将扎什伦布寺洗掠一空后，又攻打日喀则宗城堡。乾隆皇帝派嘉勇公福康安为大将军，率兵入藏，由日喀则一路南下，将廓尔喀兵逐出西藏，并挟军威，一路扫荡，最后兵临廓尔喀首都加德满都城下。廓尔喀国王投降，并将确朱嘉措的尸骨、妻小及掠去的扎什伦布寺部分财物一并送至福康安军前，表示永不敢犯边界，还许诺向大清国五年一朝贡。
福康安班师西藏后，按乾隆皇帝旨意对西藏事务进行了整饬，严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了噶玛噶举红帽系活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其所属百余名红帽喇嘛改奉黄教。从此，噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹，不复存在。为使西藏长治久安，对外不受外人侵扰，对内治理有法可依，乾隆皇帝派人与达赖、班禅的僧俗要员商议，制订出《钦定二十九条章程》。该章程使清王朝治理西藏的制度更加完善，得到西藏上层由衷地拥护。 《钦定二十九条章程》第一条就立下了金瓶掣签制度。
“一、关于寻找活佛及呼图克图灵童的问题。依照藏人旧例，确认灵童必问卜于四大护法，如此难免发生弊端。大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐一金瓶，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问之活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼像前正式认定。假若找到的灵童仅只一名，亦须将一个有灵童的名字的签牌，和一个没有名字的签牌，共同放置瓶内，假若抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖和班禅额尔德尼像父子一样，认定他们的灵童时，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行。这些都是大皇帝为了黄教的兴隆，和不使护法弄假作弊。这个金瓶常放在宗喀巴佛像前，需要保护净洁，并进行供养。”
金瓶又称为“金奔巴”或“金本巴”（“奔巴”藏语意为“瓶”）。金瓶掣签制度特别设立了两个金瓶，一个放在北京雍和宫，专供蒙古地区大活佛转世灵童掣签用。另一个置放在拉萨大昭寺，专门供西藏、青海等地掣签定大活佛转世灵童。凡蒙藏大活佛如章嘉、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时，均须经金瓶掣签认定。
金瓶掣签制度建立后，第一个启用金瓶掣签并得到认定的达赖是九世达赖的转世灵童，即十世达赖楚臣嘉措；第一个用金瓶掣签认定的班禅是七世班禅转世灵童，即八世班禅丹白旺修。自清王朝至民国的２００多年间，仅西藏一地，就有格鲁、噶举、宁玛三派的３９个活佛转世系统７０余名活佛通过金瓶掣签认定。
中华人民共和国成立后，第一个用金瓶掣签认定的大活佛是十世班禅转世灵童，即十一世班禅确吉杰布。
注：按历史定制，藏传佛教大活佛的转世灵童须经金瓶掣签认定，唯独噶玛噶举派的活佛噶玛巴例外，其转世灵童主要是由上一世噶玛巴的遗嘱来认定，但必须经过中央政府的批准。
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