受聘香港大学
１９４０年，欧洲战争局势紧张，滇越交通中断，飞机票价高昂，陈寅恪难以赴英，同时也无法返昆。唐筼身体抱恙不能远行，陈寅恪几陷于进退维谷之境。经济拮据，不能自给。时任中英文化协会领导人的杭立武及时与香港大学联系，加上时任香港大学中文系主任许地山的力荐，陈寅恪得以谋职港大，任香港大学的客座教授。这解决了全家在港的生计问题，使全家能暂时在香港居住，同时也利于陈寅恪学术研究的继续，于是他向西南联大请假一年，暂时留在香港讲授。
当时陈家住在九龙城的太子道，离位于市区的香港大学较远，陈寅恪到港大上课需要车船倒换，来往上课，极其不易，当时他们一家在港的生活也是很艰难的。陈流求记录道：
值欧洲战起，地中海不能通航，父亲只有暂在香港大学任课，为客座教授。那时我们住在太子道，离九龙城不远，乘公共汽车到轮渡，渡海后再转电车到港大，单程需近两小时，条件是很艰苦的。
１９４１年８月４日，许地山逝世，陈寅恪深为悼念，为其作挽词，许地山的追悼会在９月２１日举行，陈君葆说“挽联中以陈寅恪的一对为最亲切有味，可谓情文兼至”，挽联的内容如下：
人事极烦劳高斋延客萧寺属文心力暗殚浑未觉；
乱离相倚托娇女寄庑病妻求药年时回忆倍伤神。
陈寅恪曾经对别人提到，他当年研究佛道之学的时候，对于道教他只是取来作为史学研究的补充材料，对于佛教往往只是比较原文与诸译本字句间的异同。至于其中的微言大义，都没有发掘出来。后来，是通过读了许地山先生所写的佛道两教史的论文，文章中对于教义本体有精深的评述，这令陈寅恪深受启发和为之佩服，同时也有为以前研究方法的惭愧之意。
之后，陈寅恪继为中文系主任。在港大任教的时候，陈寅恪曾作公开学术演讲，曾经讲授韦庄《秦妇吟》一诗，虽然仅仅一首诗，他竟然绵延讲了两个月，每讲一点内容，往往旁征博引，深刻剖析，足可见他的博大精深处。此外，在香港大学还有过一次用英文作学术性的公开讲演，讲题是《武则天与佛教》。
是年１２月８日，太平洋战争又起，社会秩序混乱，交通阻塞。日本人占领香港，学校停课，先生离开香港大学闲居半年。他一家生活十分艰难，将衣物换食物，生活物资极端缺乏。香港之战初起，重庆曾经派飞机到港抢救要人，但要人如许崇智、陈济棠都未接出，只接出一大家族，“箱笼累累，还有好些条狗。”消息传到昆明，几千学生大游行，口号是打倒孔某。陈寅恪一家自然是挤不上飞机，困居在港。日寇入港曾经觊觎陈寅恪所居之楼房，勒令他们搬迁，陈寅恪以日语斥之，避免了一次祸端。由于陈寅恪懂日文，日军对他还算客气。军部行文香港占领军司令，司令派宪兵队照顾陈家，送去好多袋面粉，但宪兵往屋里搬，陈寅恪、唐筼硬是往外拖，就是不吃敌人的面粉。他们甚至用官职利诱，面对这一切陈寅恪宠辱不惊，拒不接受，生活虽然艰难，但宁可以典当衣物来过活。陈氏一家宁可挨饿而坚持气节，与散原老人为保持民族精神绝食而死，同样难能可贵。他们的高风亮节，令人钦佩，永留青史。
香港沦陷后，陈寅恪立即辞职闲居，日本当局持日金四十万元委任他办东方文学院，他坚决予以拒绝。１９４２年春，有人奉日方之命，专程请他到已被日军侵占的沦陷区上海授课。他又一次拒绝，随即出走香港，取道广州湾至桂林，出任广西大学教授，不久移居燕京大学任教。当时，面对民族危亡，国民党政府腐败无能，消极抗日积极反共，陈寅恪感到痛心，而桂林某些御用文人，竟发起向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他作《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫。”以示讽刺，表示自己的无奈和愤慨。这一时期，在繁忙的教学中，他仍致力于学术研究，先后发表了不少著述。
１９４２年春，陈寅恪一家仍然困居在香港。有《壬午元旦对盆花感赋》诗，末联：“劫灰满眼看愁绝，坐守寒灰更可哀。”由此可深刻地感知到陈寅恪当时困居香港的苦闷心情。这个时候，艰难的生活中却出现了另外的不尽如人意的插曲。据陈流求笔记记录，这年春节过后不久，陈寅恪旧时的学生来访，说是奉命请他到当时沦陷区的上海或广州任教。陈寅恪对于日本人，身负国耻家仇，岂肯为侵略国家的敌人服务，他坚决地拒绝了。日本人三番两次的骚扰利诱，这个时候陈寅恪想到的是，香港不是久留的地方，应该想办法尽快逃脱，离开这个是非之地。
５月５日，有船到广州湾（即湛江），陈寅恪一家带了简单的行李乘坐海轮由香港取道广州湾准备返回内地。途中，遇到风浪，一叶扁舟，惊险万状，但为了归死故丘，毫不犹豫。好不容易到达湛江，住进了一个嘈杂拥挤的旅社，与内地取得联系后，又由旱路经过赤坎、廉江、郁林、贵县，在贵县换船到桂平，换拖轮到柳州，在１９４２年６月末抵达桂林市。
陈寅恪在桂林一年多，并任教于广西大学。
驻足广西大学
陈寅恪一家成功逃离香港抵达桂林后，原计划到四川李庄历史语言研究所。后因中英庚款会和广西大学相约讲学，陈寅恪就决定在桂林暂时休息，乃致书傅斯年辞去中研院专任研究职务，接受广西大学的聘任。任教广西大学的时候，陈家搬进背傍石山的广西大学宿舍中。据陈流求记录，当时敌机常来轰炸惊扰，经常逃警报。陈寅恪曾经冒着被轰炸的危险到粤边坪石当时的中山大学临时校址短期讲课，有“清谈与清谈误国”和“五胡问题及其他”两次学术讲演。陈寅恪到中山大学讲演是有一定原因的。老教育家金曾澄教授于１９４２年５月被当时的行政院任命为国立中山大学代理校长，他上任后，注意物色学有专长的著名学者来校任教。陈寅恪当时以教育部部聘教授身份任教于国立广西大学，金曾澄代校长只好用特殊的方式处理，用特约教授的名义聘他来校为国立中山大学研究院文科研究所讲学。于是便有了这两次著名的在中山大学的讲演，讲学的简况，当时的《国立中山大学日报》作了扼要的报道。
有了这段自港逃出的经历，陈寅恪虽然庆幸生还，但是“国门生人有新愁”。陈寅恪任教广西大学一年多，他平日教人，言必信，行必果。奖掖后学，不遗余力。不但对古人不轻加訾议，即对当代人物亦不轻加品评，先生为人谦逊，虚怀若谷，而于学术问题上，是非分明，不以人废言，亦不以言废人。尊重历史事实，追求客观真理。著文立论，无一字无来历。每能因小见大，多发前人所未发之论。博大精深，独辟蹊径。不特能阐事理之当然，且能解其所以然。
黑色岁月里，稳定的时候是很稀罕的，平静的日子是一点不敢奢望的。是年８月的一天，他们一家又不得不从桂林启程北行，原因是１９４３年的夏天战火逼近湖南，长沙等地的形势日益紧张。在这种形势下，无奈的陈寅恪携全家再次登上艰难漫长的逃难旅程。先是搭乘货车由桂林出发，经过宜山、金城江进入贵州境内，过独山到都匀后，唐筼染上痢疾，勉强走到贵阳市后，病情加重，中途暂时停下休养，找到中西药品，慢慢调理，但是疗效很慢，大约经过一个多月，她的病情才慢慢好转。于是，又勉强地登上川黔公路，这一路，波折坎坷，陈寅恪又着急上火，路上也患病，１９４３年冬天的十一十二月间才到达重庆暂时在观音岩俞大维家休养。
这个时候蒋天枢与蓝孟博同在夏坝复旦，听到老师陈寅恪到达重庆，住在观音岩俞宅，两位约同往谒。蓝氏往购奶粉，仅得三罐。陈寅恪和夫人都还在病中，虽然稍有好转，只是能在床上倚靠着被子坐起来。当时，陈寅恪说道：“我就是缺乏这个，才会病成这样。”战时学者之清苦，令人心寒。
这一路走来真可谓身心俱疲，备尝艰辛。陈寅恪病情稍为好转之后，启程去了成都，抵达成都时，已在１９４３年的１２月底，后任教于燕京大学。
这是一段辛苦波折的历程，顶着巨大压力的陈寅恪在１９４２年到１９４３年年间，依然写出了《朱延丰突厥通考序》、《姚薇元北朝胡姓考序》、《陈述辽史补注序》、《杨树达积微居小学金石论丛续稿序》、《邓广铭宋史职官志考证序》、《陶渊明之思想与清谈之关系》等文，这种治学的毅力和精神是令人佩服和感动的。
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